PSSI yang kita ketahui saat ini sedang dalam kondisi yang memperihatinkan dimana terdapat situasi yang kurang sejalan antara para anggotanya dengan ketua umum serta sekjennya dalam masalah pengambilan keputusan untuk LPI (Liga Primer Indonesia), dimana didalam liga tersebut bermain irfan dan kim serta perbedaan dalam masalah pemilihan ketua umum baru untuk PSSI.
Perbedaan pendapat antara para anggota PSSI dengan ketua umum beserta sekjennya pertama kali terjadi saat memutuskan kelegalan untuk LPI (Liga Primer Indonesia) pimpinan arifin panigoro dimana sebagian anggota menerima kehadiran LPI namun ada juga sebagian anggota yang tidak menyetujui kehadiran LPI di kancah persepakbolaan tanah air kita. Dimana ketua umum dan sekjennya tidak melegalkan kehadiran dari LPI tersebut serta mereka pun menyebutkan bahwa pemain timnas indonesia yang bermain di LPI akan dicoret namanya dari daftar pemain timnas Indonesia.
Kemudian persoalan yang membuat PSSI menjadi memanas adalah kisruhnya kongres pemilihan ketua umum PSSI periode 2011 - 2015 dimana dari 5 nama calon ketua umum hanya 2 yang lolos dimana salah satunya adalah ketua umum periode saat ini nurdinhalid. Yang menimbulkan kekisruhan adalah alasan mengapa ketiga orang tersebut tidak lolos dalam proses verifikasi, dimana di dalamnya terdapat nama George Toisutta dan Arifin Panigoro.
Saat ini keduanya telah melakukan banding terhadap hasil keputusan dari kongres pertama namun banding tersebut di tolak oleh komite banding PSSI dimana didalam komite tersebut juga terdapat sekjen PSSI nugraha besoes, komite banding juga menolak hasil dari komite pemilihan.